A

레이더 플롯의 6가지 지표 값(features)을 사용하여 DILI 점수를 계산합니다. 각 지표에 대한 계수(coefficients)를 활용해서 DILI 스코어가 계산이 되며, 로지스틱 회귀 모델은 3배 교차 검증(3-fold cross validation)을 통해 개발되었습니다. 각 지표의 계수는 아래 표와 같습니다.

Features	Coefficients
ALogP	-0.64
in silico	-2.44
HepaRG (3D)	-0.06
Nrf2 (HepG2)	0.76
Zebrafish (embryo)	-0.53
Daphnia (imm.)	-0.36
Intercepts	1.03

A 현재 표기되는 라벨은 미국 FDA가 개발한 DILIrank DB에서 가져온 것으로, Most-DLI는 DILI 발생 가능성이 높다는 것을 의미하며, No-DILI는 DILI를 유발했다는 증거가 없음을 의미합니다.

A 유사도 지수는 RDKit에서 구현된 atom-pair 분자 지문(Molecular fingerprint)을 기반으로 계산되며 두 분자 사이의 구조적 유사성을 측정합니다. 분자 구조가 매우 유사하면 유사도 지수가 높고 분자가 구조적으로 다르면 낮습니다. 유사성 지수의 범위는 0(즉, 완전히 다름)에서 1(즉, 거의 동일)까지입니다.

A

아래 논문을 인용해주시기를 부탁드립니다.

Shin HK, Kang M-G, Park D, Park T and Yoon S (2020) Development of Prediction Models for Drug-Induced Cholestasis, Cirrhosis, Hepatitis, and Steatosis Based on Drug and Drug Metabolite Structures. Front. Pharmacol. 11:67. doi: 10.3389/fphar.2020.00067

A

• 레이더 플롯의 모든 값은 최소-최대 정규화를 (Min-max normalization) 통해 스케일을 통일 시켰습니다.
• ALogP: ALogP는 PaDEL에서 계산되었습니다.
  • PaDEL 웹사이트: http://www.yapcwsoft.com/dd/padeldescriptor/
  • ALogP 참고 자료: https://doi.org/10.1002/jcc.540070419
• 인실리코: 통계 기반 모델 (statistical model) 및 규칙 기반 모델(rule-based model)의 결과 합계
• 농도-반응 값으로 부터 benchmark dose (BMD)를 계산했으며, 모든 값은 마이너스 로그를 적용했습니다.
  • HepaRG (3D): 각 화학 물질로 5일간 처리된 HepaRG 3D 세포독성 결과 값
  • Nrf2 (HepG2): HepG2 reporter cell line에서 측정된 nrf2 활성 데이터
  • Zebrafish (embryo): Zebrafish 배아 독성 시험 데이터
  • 물벼룩 (immobilization): 물벼룩 유영 저해 시험.

A

화합물 이름 또는 CAS 번호로 검색합니다.

 

구조를 확인하고 결과를 클릭합니다.

• 구조가 동일하지 않으면 이름이나 CAS 번호를 확인해야 합니다.

 

검색 결과에는 식별자 정보가 있습니다.

화합물 SMILES 코드를 확인할 수 있습니다.

A JSME 튜토리얼은 https://youtu.be/bJ4wjuPcVIg에서 확인 부탁드립니다.